Autor skargi, urodzony w 1975 r. Ivailo Stefanov, przystąpił w 1993 r. do Świadków Jehowy. We wrześniu 1994 r. stawił się w Rejonowym Urzędzie Wojskowym w Shoumen na wezwanie władz wojskowych, które chciały mu wręczyć powołanie do wojska. Wezwany odmówił, wskazując jako powód decyzji swe przekonania religijne. W odpowiedzi dowódca zaproponował mu odbycie służby w wojskowych jednostkach budowlanych, jako sanitariusz w szpitalu wojskowym lub jako kucharz w jednostce wojskowej. Stefanow odrzucił wszystkie oferty, wskazując, że w każdym przypadku praca byłaby wykonywana na rzecz armii. W październiku wszczęto przeciwko niemu postępowanie karne. Zakończyło się ono w marcu 1995 r. wyrokiem skazującym na półtora roku więzienia. Sąd wskazał, że prawo chroni przekonania religijne, ale nikogo nie zwalnia z obowiązku odbycia służby wojskowej. Dodatkowo oskarżony odrzucił oferty mające służyć poszanowaniu jego poglądów religijnych. Sędziowie uznali, że prawdziwym powodem odmowy była niechęć do służby w wojsku, a nie przekonania religijne. Sąd postanowił nie zawieszać kary, ponieważ jej odbycie miało pomóc skazanemu w zrozumieniu konstytucyjnych obowiązków i pozytywnie wpłynąć na jego rozwój. W uzasadnieniu oznajmiono również, że "kara powinna zostać wykonana, gdyż sąd uznał, że przyjazd 50 współwyznawców Stefanova na posiedzenie sądu zostało wcześniej zorganizowane". Wyrok miał też być w interesie tych osób, które pomimo posiadanych przekonań zdecydowały się na odbycie służby wojskowej.

Stefanov wniósł apelację i do czasu jej rozpoznania nie musiał zacząć odbywania kary. W czerwcu 1995 r. sąd okręgowy uznał, że wyrok wydany w pierwszej instancji kładł zbyt duży nacisk na ogólną prewencję, czyniąc orzeczoną karę nieproporcjonalną. Zamiast bezwzględnego pozbawienia wolności oskarżonemu należało stworzyć możliwość przemyślenia swej decyzji, zaznaczając jednak wyraźnie, że ponowna odmowa doprowadzi do wykonania kary. W konsekwencji sąd postanowił zawiesić wykonanie wyroku na okres 3 lat. Stefanov wniósł następnie kasację do Sądu Najwyższego, wskazując na sprzeczność wyroku z konstytucją oraz Konwencją. Ustawa zasadnicza po zmianach z 1991 r. oznajmiała bowiem, że służba wojskowa oraz "warunki i procedura zwolnienia z jej odbywania lub zastąpienie służbą zastępczą zostaną uregulowane przez parlament w drodze ustawowej". W czasie gdy Stefanov odmówił odbycia służby wojskowej, jej reguły określała ustawa z 1958 r., nie wspominająca o służbie zastępczej. W grudniu 1995 r. parlament uchwalił ustawę o obronie i siłach zbrojnych, która przewidywała służbę zastępczą, powierzając określenie jej warunków i procedury przyznawania oddzielnej ustawie. Akt taki powstał dopiero w listopadzie 1998 r., wszedł w życie 1 stycznia 1999 r. Osoby skazane przed tym ostatnim dniem za odmowę odbycia służby wojskowej, motywowaną sprzeciwem sumienia, nie zostały objęte amnestią.

Stefanov zarzucił w skardze, wniesionej w 1996 r., że skazanie stanowiło naruszenie swobody przekonań. Do wyroków doszło dlatego, że parlament był powolny w tworzeniu prawa wprowadzającego służbę zastępczą, mimo iż mówiła o niej konstytucja, nakazując wydanie odpowiedniej ustawy. Dlatego wymierzoną karę należy uznać są bezprawną i nie spełniającą kryterium, aby ingerencja była konieczna w demokratycznym społeczeństwie.

Po przyjęciu sprawy do rozpoznania (kwiecień 2000 r.) Trybunał zachęcał strony do zawarcia ugody. Została ona podpisana w listopadzie 2000 r., a w marcu 2001 r. reprezentant władz bułgarskich przekazał informację o zatwierdzeniu porozumienia.

Tekst ugody wyglądał następująco:

"Strony postanawiają co następuje:

1. wszystkie postępowania i wyroki sądowe zapadłe począwszy od 1991 r. w Bułgarii przeciwko obywatelom bułgarskim (w szczególności I. Stefanovowi oraz [autorom trzech innych skarg – ICK]) odmawiającym odbycia służby wojskowej ze względu na sprzeciw sumienia, którzy jednak godzą się na odbycie służby zastępczej, zostaną umorzone a kary uchylone, tak jak gdyby nigdy nie doszło do naruszenia prawa; Rada Ministrów Republiki Bułgarii bierze odpowiedzialność za przedłożenie parlamentowi projektu ustawy wprowadzającej amnestię we wszystkich tych sprawach;
2. alternatywna służba zastępcza jest realizowana wyłącznie pod nadzorem administracji cywilnej i władze wojskowe nie są zaangażowane w jej odbywanie; służba zastępcza będzie trwała przez okres zbliżony do służby wojskowej, której czas określają przepisy prawa;
3. osoby odmawiające odbycia służby wojskowej ze względów moralnych posiadają identyczne prawa do manifestowania swych przekonań religijnych, indywidualnie lub wspólnie z innymi po godzinach wykonywania służby zastępczej oraz w dniach od niej wolnych, bez jakichkolwiek przeszkód, sankcji lub utrudnień (...);

5. rząd Bułgarii wypłaci skarżącemu kwotę 2500 lewów jako zwrot kosztów i wydatków;
6. skarżący (...) po spełnieniu przez rząd Bułgarii warunków wymienionych w punkcie a, b, c i e zgadza się wycofać skargę wniesioną do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka".